Животный мир Джугджура, в связи с ареалом обитания, можно разделить на две большие группы.
Охотско-Камчатская (Берингийская) фауна характерна для темнохвойной тайги и высокогорья: бурый медведь, снежный баран, соболь, кабарга.
Восточносибирская (Ангарская) фауна характерна для горных и равнинных лиственничных лесов и марей. Сюда животные пришли с Забайкалья и Якутии: лось, лесной северный олень, восточный горностай, волк, якутская белка, баргузинский соболь, заяц-беляк.Из птиц в окрестностях Джугджура встречаются белоплечий орлан, орлан-белохвост, беркут, горный дупель, дикуша, длинноклювый пыжик, красношейная и серощекая поганки, острохвостый песочник, рыбный филин, сапсан, скопа, кречет, тетеревятник, филин, черный аист.
В реках горной страны встречается таймень, ленок, хариус, сиг, горбуша, кета, голец, нерка, гольян, налим, окунь и — в большом количестве — щука. На Мае (Алданской) также встречается сибирский осетр.