Восточные патриархи находились в бедственном положении. Москва была и значительнее и богаче, и у нее регулярно просили финансовой помощи. Москва помогала, но и просила «рассмотреть вопрос» о своем патриархе. Наконец, от патриарха Феолита пришел устный ответ – он вместе с антиохийским патриархом согласились вынести решение на вселенском соборе.
Жизнь константинопольского патриарха под турками была полна неожиданностей. Феолита султан прогнал, восстановив на кафедру Иеремию (1588). Иеремия первым делом отправился в Москву, попросить денег на новую резиденцию. В Москве за переменами не уследили, и поначалу главу вселенской церкви приняли за самозванца. А когда разобрались приняли в Кремле. Там Годунова ждало серьезное разочарование. Вместо ожидаемого решения собора Иеремия высказал свои просьбы о пожертвованиях.
С этого момента начались долгие переговоры. Патриарх и его свита жили богато, ни в чем не нуждаясь (10 блюд ежедневно, три кружки хмельного меда – боярского, вишневого и малинового, ведро паточного меда и полведра квасу). Но и свободы у греков не было, из палат они имели право выходить только под присмотром.
В результате греческая сторона предложила русским такое решение. Иеремия переносит константинопольскую кафедру в Москву, и сам остается патриархом. Такой вариант Годунова не устраивал. Русские правители со времен Ивана Третьего привыкли к подчиненному положению главы церкви, и считаться с кем-то в своих решениях не собирались. Отдавать греку главенство над русской церковью, чего давно уже не было к тому моменту, тоже не хотелось. И еще заботливые интриганы успели распустить слухи, что Иеремия в сговоре с папой Римским и хочет объединить церкви, чтобы получить от западных стран поддержку и освободить Царьград.
Русское правительство схитрило – Иеремии предложили два варианта. Первый – он переносит свою кафедру во Владимир, а Иов остается митрополитом московским. Второй – признает Иова патриархом Московским, а сам уезжает с миром. Советники патриарха отговорили его от Владимира, находившегося в упадке. А второй вариант греческим гостям не нравился. Особенно упорствовал митрополит Дорофей. С Дорофеем поговорили люди Годунова, пригрозив, что вполне могут его и утопить в Москве-реке. Советник поменял свое мнение.
25 января 1589 года Иеремия рукоположил патриарха Московского Иова.
Но и после этого главу константинопольского патриархата и его помощников домой не отпустили, а отправили на богомолье в Троице-Сергееву лавру. И лишь 19 мая, пробыв в России больше года, вся делегация с богатыми дарами отправилась в Стамбул. Интересно, что деньги на новую резиденцию, за чем, собственно, Иеремия и приезжал, Годунов дать забыл. 1000 рублей отправили грекам чуть позже. В 1590 году собор патриархов в Константинополе санкционировал решение Иеремии, а в 1593 году вселенский собор поставил русскую церковь на пятое место во всеобщей иерархии православных церквей.