Сегодня развернутая длина СЖД - более 8,5 тыс. километров, половина из которых эксплуатируется в чрезвычайно суровых климатических условиях Крайнего Севера, а некоторые участки – в условиях вечной мерзлоты. Дорога разделена на пять регионов - Ярославский, Вологодский, Архангельский, Сольвычегодский и Сосногорский.
Северная магистраль проходит по территории Ярославской, Вологодской, Костромской, Ивановской, Архангельской, Владимирской, Кировской, Тверской областей, Республики Коми, Ямало-Ненецкого автономного округа.