История основания Предприятия связана с суровым периодом Великой Отечественной войны. С 1943 года Предприятие начало производить и поставлять лекарственные препараты, необходимые для нужд фронта и тыла. Самоотверженность работников позволила заводу выжить и стать одним из лидеров по выпуску фармацевтических субстанций и готовых лекарственных форм в тяжелое послевоенное время. Развитие научной базы в шестидесятые годы способствовало увеличению номенклатуры производимой продукции

Завод не прекратил производство в «лихие» девяностые годы. С распадом СССР производство лекарств, необходимых для снятия болевого синдрома, осталось за пределами России. В условиях оттока квалифицированных кадров и утраты технологий производства, несмотря на пропуск нескольких циклов модернизации, Предприятию удалось в кратчайшие сроки наладить выпуск этой категории лекарственных препаратов

Сегодня на ФГУП «Московский эндокринный завод» производится более 70% обезболивающих в стране, а также широкий спектр лекарств, применяемых в офтальмологии, кардиологии, гинекологии и психоневрологической практике, анестезиологии, противовоспалительного и метаболического действия.

Значительная доля производимых Предприятием лекарств включена в перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов и реализуется с учетом фиксированных предельных отпускных цен. Выпуск продукции этой категории — важная социальная функция завода в рамках государственной политики, направленной на обеспечение доступности лекарственных препаратов для населения и стабилизацию цен на российском фармацевтическом рынке