Во времена Петра I в Санкт-Петербурге находилось много немцев-лютеран, которым нужна была церковь. В 1775 году был заложен каменный храм на улице Кирочной — ее назвали в честь строящейся кирхи. Создателем сооружения стал архитектор Юрий Фельтен, он же проектировал Дворцовую площадь, Малый и Большой Эрмитаж и частичные интерьеры Зимнего дворца.
Анненкирхе посещал Карл Фаберже, Петр Лесгафт, Карл Брюллов. В начале XX века приход церкви насчитывал около 12 тысяч человек.
В довоенное время церковь была закрыта, а в 1939 году ее помещение стали использовать под кинотеатр «Спартак».
Анненкирхе как место богослужений восстановили в начале 90-х годов. Здание делилось посетителями кинотеатра и верующими. В 1998 году прошел первый рок-концерт в стенах церкви, настоятель и паства отнеслись к этому положительно-нейтрально.
Сейчас в кирхе проходят не только религиозные, но и культурно-развлекательные мероприятия. Анненкирхе организовывает фестивали, концерты и выставки. В церкви можно посетить «Ночь музеев», лекции по философии и искусству и даже английский разговорный клуб.